1978年侯祥麟等发起成立中国石油学会，他被选为理事长，1989年被聘为名誉理事长。1978年被选为中国化工学会副理事长。1979年起任世界石油大会中国国家委员会主席31983年起任世界石油大会常务理事。 1979年任国家科委发明评选委员会委员兼化学化工评议组组长，1987年改名国家发明奖励评审委员会，任副主任至1993年。1980一1987年任国务院学位委员会委员兼化工评议组组长。
　　1984年起任中国大百科全书总编辑委员会委员。1986年起任国家自然科学基金委员会委员。1990年起任第二、三届全国自然科学名词审定委员会委员。
　　1989一1992年被聘为汕头经济特区顾问，曾几次去汕头了解情况，对广澳特区的发展等问题提出过建议。1993年北京潮人海外联谊会成立，被聘为顾问。 侯祥麟在报刊上曾发表过各方面的文章多篇。他主编出版的有：《中国页岩油工业》(1984年)；《中国炼油技术》(1991年)；《英汉石油大辞典》(共10分册)(1991-1995年)；《自然科学名词·石油》(1994年)。他任《中国大百科全书·化工》(1987年)的编委会副主任。《中国炼油技术》获第七届全国优秀科技图书一等奖。
　　 侯祥麟由于组织领导研制、生产、供应尖端武器所需的新型油料，1985年获全国国防军工协作会议颁发的银质奖章；由于对中国炼油技术的贡献，1986年获意大利"思利科·马太依"国际科学技术奖。  

    侯老和他三姐的关系更亲密一些。解放后，他三姐的大女婿在三反五反时，“打老虎被整死了，三姐的大女儿因此受到了牵连，三姐只好去新加坡投奔她二女儿。由于当年的政治气氛，他和三姐多年失去联系，直到1982年才联系上。那时侯，他三姐年近90，盼着要与他见上一面。1983年侯老到英国参加世界石油大会，回程路过新加坡。原以为能够和三姐见上一面，没想到他三姐几个月以前就去世了，这成了侯老终生的遗憾。

    侯老曾经在1937年回到汕头为父母做过一次生日，以后由于战乱以及出国留学，再也没有见过他父亲，他父亲在他回国前夕（1949年）去世的。当时没有下葬，灵柩安置在家中一间空房里，等待他们兄弟俩回去举行安葬仪式。1950年，侯老和大哥侯祥川回到汕头老家，和亲友一起为他父亲举行了简单的安葬仪式。当年的汕头是前线，国民党的军舰时有出没。母亲对他们哥俩的安全很不放心，催促他们快走。可谁知这一走竟是他们与母亲永远的诀别。侯老的母亲是1952年去世的，他的大哥没有回去，他因公务脱不开身没能回去。是姐妹们为他的母亲办的丧事，并将父母合葬在一起。这在侯老的心里留下了永久的愧疚和遗憾。

    2004年4月，他的夫人李秀珍女士不幸身染重病，病情危急，6月25日，已处于弥留之际。这天上午，温家宝总理在中南海主持国务院办公会议，听取 “中国可持续发展油气资源战略研究”的汇报，侯祥麟同志准时出席了会议，并做了重点发言。

    温总理侧身倾听，把亲切的目光转向这位慈祥的老人。作为课题主要负责人，侯祥麟院士抖搂精神，支撑起瘦小的身体，字斟句酌，从前瞻性、战略性的高度，实事求是地分析了我国油气可持续发展的历史、现状和未来，受到了温总理和与会者的赞扬。

    然而，人们没有想到，就在同一天下午，与侯祥麟院士共同工作、生活了近半个世纪的老伴李秀珍女士不幸与世长辞。等侯老参加完国务院会议，赶到医院时，老伴已经“走”了，给这位92岁的老人留下了终身的遗憾。

　　重修府、縣兩學捐資監督姓氏：

　　府學貢生蔡壯器捐銀一千二百兩。臺灣縣州同李朝璽捐銀一千一百兩。監生黃兆茂捐銀一千兩。府學拔貢生蔡培捐銀三百兩。內閣中書陳奇烈、臺灣學拔貢生施士膺、生員黃得福，各捐銀二百兩。諸羅學生員陳日茂、王湜各捐銀二百兩。貢生王克褒、臺灣學生員陳廷藩，各捐銀一百五十兩。舉人陳連榜、府學拔貢生張方升、貢生黃可垂、陳國瑤、翁錫福、薛登選、蘇孟德，各捐銀一百兩。監生高肇輝、潘奇選、方策、劉振楷、吳植恩、府學廩生員郭世標、吳啟沃、李廷珍、洪國昌、莊天釬、張元，臺灣學廩生呂昆玉、生員楊作舟、蔣士賢、高璿璣、蔡翰晫、吳莊敬、鄭光樂各捐銀一百兩。諸羅學廩生許殿輔、生員洪廷梯，各捐銀一百兩。監生周岐德捐銀三百兩。府學生員周大鵬捐銀四百兩。臺灣學廩生侯世輝捐銀三千七百兩。

　　董事：侯世輝：蔡壯器。辦料：州同李朝璽、蔡德起。收取捐銀：貢生蔡培。收管銀兩：州同侯世光。

　　監工：洪世基、吳志超、蔡青海、黃兆茂、李朝桂、李明良、郭玉璿、方達聖、楊作舟、吳廷鳳、謝世哲、黃亨、劉錫琦、朱瑞麟、黃得福、許殿輔、劉勝、林起廉、吳維新、蕭龍光、龔秀巖、游苑芳、楊綬、黃璿璣、林文煥、洪晉。

　　乾陵十六年歲次辛未暮春吉旦勒石。

　　按：碑龕臺南市孔子廟櫺星門右內壁，高二三八公分，寬六八公分，花岡石。係楊開鼎所撰「重修府學碑記」（見「記」類）之副碑。原碑無題。